La protagonista de la historia es Rune Ballot, una prostituta adolescente en la ciudad de Mardock. No pasa mucho tiempo hasta que Shell, el dueño de un casino y con otros tantos negocios turbios entre las manos, decide que sea su protegida. Rune está agradecida por lo que Shell ha hecho por ella, pero siente la imperiosa necesidad de saber por qué a ella. Investigar el pasado…