La historia se situará en el año 2059, cinco décadas después de la Space War I de la primera Macross. Macross Frontier, la flota de colonización número 25 de clase New Macross viaja a través de la galaxia a un nuevo paraíso al que llamar hogar, sin embargo, acaban entrando en guerra con un extraño enemigo llamado Vajra. Ozma Lee, l&ia…