La historia de Kurokami (El Dios Negro) trata de un programador de videojuegos de nombre Keita Ibuki. Éste se encuentra con una chica de nombre Kuro que resulta ser un Mototsumitama , seres divinos encargados de mantener el equilibrio de la existencia. Mientras cuidaba de ella, son atacados. A causa del ataque Keita pierde un brazo que es regenerado por Kuro más tarde al intercambiarlo por su pro…