Han transcurrido varios años desde The Fruit of Grisaia...Lo que en su día fue la Academia Mihama, un santuario para jovencitas, se ha transformado en una academia de entrenamiento de la SORD (Special Organization for Research & Development), dedicada a forjar nuevos talentos con miras a la defensa nacional. Rena y Maki son especialistas en armas de fuego, Tohka y Gumi destacan como francotirador…