La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con KazamiYuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terroristainternacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora armade destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se lesagota el tiempo ya que …