Tetsurou Hoshino es un chico empeñado en conseguir un cuerpo mecánico inmortal para vengarse del asesino de su madre, el hombre máquina Conde Mecha. Sin embargo, debido al increíble coste que supone conseguir lo que busca, su única esperanza es robar un billete para el Galaxy Express 999, un tren espacial que viaja por la galaxia y cuya última parada es un planeta donde se proporcionan gratuitame…